新中国成立前，中国农工民主党（简称农工党）在云南省没有建立组织。新中国成立后，先后有7位农工党党员来滇工作。1955年，成立农工党云南省粮食厅小组，受农工党重庆市委领导。1956年9月，农工党中央来函，并附在滇工作的党员名单，指示筹建农工党中央直属昆明支部。1956年10月，农工党中央直属昆明支部委员会成立，章本璆任支部主委。1957年后中断党务活动。1983年1月，恢复成立农工党中央直属昆明支部，章本璆任支部主委。

1985年10月14日，农工党云南省第一次代表大会召开，选举产生农工党云南省第一届委员会，农工党云南省委正式成立。农工党云南省委历任主任委员为刘崇智、舒自尧、陈勋儒、杨鸿生。现为第八届委员会，主任委员张宽寿。

农工党云南省委机关设办公室、组织人事处、宣传教育处、参政议政处、社会服务处、理论研究室。

截止2022年3月底，全省共有州市级委员会9个，州市级基层委员会4个，州市级支部1个，县市级委员会2个，基层委员会12个，总支委员会22个，支部委员会156个；共有党员4865人，主体界别占党员人数的71.1%，科技界占1%，教育界占5.3%，中高级职称占93.4%。